三六協定とは、時間外労働または休日労働について労使間で結ぶ協定で、労働基準法36条にもとづくことからこの名称がある。
同法規定によれば、当該事業場に労働者の過半数で組織する労働組合かおる場合にはその労働組合、なければ労働者の過半数を代表する者との間に書面による協定を結び、これを所轄労働基準監督署長に届け出れば、その協定に従って法定労働時間を延長し、または法定休日に労働させることができる。
ただし坑内労働その他労働基準法施行規則１８条に定める健康上特に有害な業務の労働時間の延長については、１日２時間を超えてはならない。
なお平成１０年の労基法改正により、時間外労働の上限を定める基準が目安指針から法的根拠のある上限基準に変更された。
上限基準時間の限度時間数はこれまでの目安時間数と違いはないが、上限基準では１日だけでなく、１日超３カ月以内の期間および１年のそれぞれについての時間外労働時間数を定めることが義務づけられた。また協定の有効期間を１年以上とするよう通達で定められた。
この協定にもとづく時間外労働、休日労働をさせた場合には、労基法３７条の規定による割増賃金の支払いが必要である。
